2016두51788 부가가치세경정거부처분취소 (다) 파기환송 [구 부가가치세법 제17조 제7항 및 동 시행령 제61조 제1항 본문에 따라 공통매입세액을 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율을 기준으로 안분하기 위한 요건이 문제된 사건]

2016두51788 부가가치세경정거부처분취소 (다) 파기환송

[구 부가가치세법 제17조 제7항 및 동 시행령 제61조 제1항 본문에 따라 공통매입세액을 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율을 기준으로 안분하기 위한 요건이 문제된 사건]

◇1. 구 부가가치세법 제17조 제7항 및 동 시행령 제61조 제1항 본문에 따라, 공통매입세액을 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분하기 위해서는 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있어야 하는지 여부(적극), 2. 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 관련되었는지를 판단하는 기준◇

구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조 제7항, 그 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘시행령’이라고 한다) 제61조 제1항 본문에 의하면, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하여 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라고 한다)은 과세사업 관련 부분과 면세사업 관련 부분으로 안분하여야 하고, 그 안분은 원칙적으로 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 산정하여야 한다. 다만 이처럼 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액을 안분하는 것은 그 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분 사이에 관련성이 있을 경우에 한하고, 그 각 사업 부분이 서로 분리․독립되어 있다면 공급가액을 기준으로 공통매입세액을 안분할 것은 아니다. 이 경우 위 각 사업 부분이 서로 관련된 것인지 여부는 공통매입세액의 발생사유인 재화 등을 공급받은 경위와 목적, 사업운영의 형태, 공통매입세액과 공급가액이 발생한 사업장의 장소적 연관성, 업종의 특성 등 관련 사정을 종합적으로 고려하여 판단할 것이다.

한편 공통매입세액이 발생한 사업 부분과 공급가액이 발생한 사업 부분이 서로 분리․독립되어 있다는 등의 사유로 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그중 어느 한 사업의 공급가액이 없을 때에는 공통매입세액은 공급가액의 비율에 따라 안분할 수 없으므로, 매입가액의 비율, 예정공급가액의 비율 등을 적용하여 안분하되, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공한 경우에 그 예정면적을 구분할 수 있을 때에는 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율에 따라 안분한다(시행령 제61조 제4항).

☞ 가락시장을 운영하는 지방공사인 원고가 가락시장 현대화 사업을 추진하면서 기존 상인들의 영업이 일시에 중단되지 않고 계속 유지될 수 있도록 단계별 순환개발 방식을 택하여, 위 현대화 사업의 진행 단계에 맞추어 단일사업장인 가락시장 사업장의 부지를 3분하여, 1단계 사업이 진행되는 동안 1단계 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 가락시장 사업장 내의 다른 부지로 옮겨 영업을 계속할 수 있게 하고, 이후 2, 3단계가 순차적으로 진행되는 중에도 같은 방식으로 각 해당 부지에서 영업을 하던 상인들로 하여금 이미 공사가 마쳐졌거나 시행되기 전의 부지로 옮겨 영업을 지속하게 할 예정인 경우, 위 1단계 사업은 원고가 같은 기간에 가락시장 사업장 내에서 운영한 기존 사업과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분으로 보기 어려우므로, 위 1단계 사업과정에서 발생한 공통매입세액은 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 본문에 따라 가락시장 사업장에서 발생한 과세사업과 면세사업의 각 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율에 따라 안분되어야 한다고 본 사례